前提在于，你就职的公司规模。
普遍来说，一般的，规模越大越成熟的公司越注意工作流程的规范化和标准化，这种公司行政部门普遍比较强势，当然对于刚起步的公司，更看重挣钱，行政部门就相对比较弱势。
这不是绝对的，而是和公司决策层有直接关系。

至于你提到的问题，我的建议是这样。
第一，做好调研。拿事实说话，拿数据说话，空口白牙的话毕竟不具备足够的说服力。
第二，在调研的基础上，找出解决问题的办法。这是为下一步做的准备，简单说，不能把问题踢给领导，要帮助领导出谋划策。
最后，取得领导的百分之百支持，做好前两点，认真地和决策领导细谈，我看你职务是行政主管，应该可以直接和一把手对话，拿出书面报告和可行性建议，分析过程中可能出现的风险，向领导提出需要领导在哪方面予以支持，即便领导出于其他考虑，没有采纳你的建议，但至少他心目中不会否定你的工作。

如果上述过程顺利，最难的一点来了，就是坚决贯彻落实。话说的有点官话，但做起来很难，基本上就是跟主要领导形成默契，你和他一个唱红脸一个唱白脸，很多时候人缘不是靠老好先生来的，而是靠敬业和认真。

当然，一切都有前提，个人利益服从集体利益，就我感受，这是做行政工作每个人必须坚持的职业操守。