中国水产科学研究院是农业部直属的综合性渔业科研机构，担负着渔业重大基础、应用研究和高新技术产业开发研究的任务，着力解决渔业发展中的基础性、方向性、全局性、关键性重大科技问题，在科技兴渔、培养高层次研究人才、开展国内外渔业科技交流与合作等方面发挥着重要的作用。2016年，中国水产科学研究院入选“国家创新人才培养示范基地”。
全院按照海区、流域和专业布局，共有直属研究所9个，增殖实验站4个，与地方共建了5个研究机构，分布于全国12个省、市。院机关在北京，内设13个职能处室和5个业务中心。截至2015年底，全院共有在编在职职工2255人，其中科技人员1900人，高级专业技术职务人员743人，占科技人员总量的近40%；拥有硕士及以上学位的科技人员比例达54%。拥有中国工程院院士2名，院首席科学家31名，国家级、部级有突出贡献专家28名，享受政府特殊津贴专家25名，“新世纪百千万人才工程”国家级人选8名，农业科研杰出人才22名。拥有博、硕士生导师395名。
全院拥有国家实验室1个、国家地方联合工程实验室1个、2个国际参考实验室、11个部级重点实验室、9个部级科学观测试验站、6个省级重点实验室、7个省级工程技术研究中心、14个院重点实验室、14个院工程技术研究中心、95个院功能实验室、7个部级水产品质量安全风险评估实验室、10个国家级和部级质量检测中心、6个国家水产品加工技术研发中心及分中心、2个国际水产技术培训中心、2艘千吨级海洋科学调查船和37个科研试验基地。
建院以来，全院共取得各类科研成果3700多项，获省部级以上科技奖励680多项，其中国家级奖励58项。全院以占全国水产科研单位约20%的科技人员，取得了占全国水产行业50%以上的国家奖和省部级奖励，为我国渔业快速发展和渔民持续增收做出了重要贡献。